Sechs Jahre ist es bereits her, dass der ehemalige FBI-Agent Fox Mulder untergetaucht ist, weil er wegen angeblichen Mordes an einem Regierungsangestellten verurteilt werden sollte. Auch seine damalige Partnerin Dana Scully hat das FBI inzwischen verlassen und arbeitet nun als Ärztin in einem katholischen Krankenhaus. Doch ihre Vergangenheit holt Scully wieder ein: Das FBI steht plötzlich wieder auf der Matte und bittet Scully um Hilfe. Im US-Bundesstaat Virginia stellt das mysteriöse Verschwinden zahlreicher Frauen die Polizei vor ein Rätsel. Entlang der Highways finden sich menschliche Überreste, aber kaum verwertbare Spuren. Und auch der scheinbar hellseherisch begabte Priester Joe ist mit seinen merkwürdigen Visionen zuerst keine große Hilfe. Zu allem Überfluss wird plötzlich auch noch eine FBI-Agentin vermisst. Agentin Dakota Whitney ist sich sicher, diesen Fall nur mit Hilfe der Ex-Agenten Fox Mulder und Dana Scully lösen zu können, weshalb beide wieder zum FBI zurückgeholt werden. Leicht ist der Neuanfang für beide allerdings nicht, denn sie erwartet ein Fall, der sie an die Grenzen der Vorstellungskraft führt...
